Второй сезон сериала "Нарко" переносит зрителей в 1989 год, спустя семь лет после событий первого сезона. Пабло Эскобар, разочарованный политической системой Колумбии, решает баллотироваться в парламент, чтобы получить иммунитет от экстрадиции в США. Его политическая кампания превращается в мощное движение, основанное на обещаниях социальной справедливости и помощи бедным, что приносит ему значительную народную поддержку. Однако его политические амбиции сталкиваются с жестким сопротивлением со стороны элиты и правоохранительных органов, что приводит к эскалации насилия.
Параллельно развиваются сюжетные линии других персонажей: агент DEA Хавьер Пенья продолжает свою опасную миссию по поимке Эскобара, сотрудничая с колумбийскими властями, включая полковника Каррильо. Семья Эскобара пытается вести нормальную жизнь среди хаоса, а его жена Тата всё больше осознаёт истинную природу бизнеса мужа. Сезон достигает кульминации, когда политические маневры Эскобара терпят крах, вынуждая его вернуться к открытой войне с государством, что приводит к масштабным терактам и беспрецедентному кровопролитию в Боготе и других городах Колумбии.